Knockdown!

Ze zijn er nog wel, mensen die iets opzoeken in boeken, maar zelfs in de oer-tv-quiz ‘Twee voor Twaalf’ wordt steeds vaker de computer ingezet. Het was dan ook even verwarrend toen het Center for Biomics trots meldde dat er een bibliotheek was aangeschaft.

Uitschakelen
Prettiger

Gaan we in deze tijd van hightech wetenschappelijk onderzoek terug naar af? “Nee, er komt geen boek aan te pas,” lacht dr. Wilfred van IJcken, labmanager van het Center for Biomics van het Erasmus MC. “De term bibliotheek slaat in dit geval niet op een collectie boeken, maar op een verzameling biologisch materiaal waarmee de functie van genen kan worden bestudeerd.”

De bibliotheek bestaat uit 1800 plastic platen die zijn opgeslagen in vrieskisten bij een temperatuur van maar liefst tachtig graden onder nul. Elke plaat bevat 96 opslagbuisjes met biologisch materiaal. Dat zijn in totaal 1800 x 96 = ruim 170.000 buisjes. Maar wat kún je ermee?

Van IJcken: “De bibliotheek zal onderzoekers flink vooruithelpen in de zoektocht naar de rol van genen en het functioneren van de verschillende cellen in ons lichaam. Waarom zien spiercellen er anders uit dan vetcellen? En waarom ogen die weer anders dan hersencellen? Hoe maken cellen van de pancreas (alvleesklier, red.) enzymen die vetten afbreken en waarom kunnen hartspiercellen samentrekken?”

terug naar boven

Uitschakelen
Lichaamscellen oefenen hun functies uit dankzij de productie van allerlei eiwitten. De recepten om die eiwitten te produceren liggen opgeslagen in de genen op het DNA. Tijdens een ingewikkeld proces worden de genen ‘overgeschreven’ in de vorm van RNA, dat vervolgens wordt ‘vertaald’ naar eiwit. Dat is de sterk vereenvoudigde weergave, want al die genen en eiwitten staan niet los van elkaar. Er is beïnvloeding via complexe processen. De mens heeft ongeveer 20.000 genen. Om de functie van een enkel gen of daarvan afgeleid eiwit te bestuderen, zou je het gen kunnen uitschakelen om vervolgens nauwkeurig te kijken wat er met de cel gebeurt. Dit wordt in de wetenschap knockdown genoemd. En dat uitschakelen is precies waarvoor de bibliotheek werd aangeschaft.

Van IJcken: “Met een chic woord heet dat RNA-interferentie. Het biologisch materiaal uit één van de 170.000 buisjes van de bibliotheek wordt met behulp van een virus in een cel gebracht. Daar bindt het specifiek met een stukje RNA van een bepaald gen. Er ontstaat dubbelstrands RNA, dat door de cel als ‘vreemd’ wordt herkend. Dit leidt tot versnelde afbraak van het RNA. Omdat het RNA van dat ene gen wordt afgebroken, kan er ook geen bijbehorend eiwit worden gemaakt: het gen is dus als het ware uitgeschakeld. Door vervolgens te kijken naar de effecten die dit op de cel heeft, kunnen we iets leren over de rol van dat gen.”

Meer over RNA interferentie

terug naar boven

Prettiger
De bibliotheek is erg kostbaar. Het Erasmus MC schafte de verzameling samen aan met het Academisch Medisch Centrum (AMC) en het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC). Dat gebeurde bij de firma Sigma-Aldrich. Van IJcken: “Zonder de initiatieven van prof. Rogier Versteeg van het AMC, prof. Rob Hoeben van het LUMC en prof. Sjaak Philipsen van het Erasmus MC was dit niet gelukt. Het is uniek: buiten deze drie organisaties is er geen Nederlands academisch onderzoeksinstituut dat over deze bibliotheek beschikt.” De bibliotheek is er voor alle onderzoekers van het Erasmus MC. Tegen een kleine vergoeding halen ze uit de vriezer het materiaal waarmee zij het gen kunnen uitschakelen waarin zij zijn geïnteresseerd.

Van IJcken onderstreept de voordelen: “Het materiaal is vrijwel kant-en-klaar voor gebruik. Vroeger kostte dat per gen maanden van geploeter op het laboratorium. Dat scheelt niet alleen geld, maar ook tijd. Het leven van de wetenschapper wordt een stuk prettiger. Hij kan z’n tijd nu besteden aan zaken waar het echt om draait: het ontrafelen van de genfuncties.”

Meer over biobanken

terug naar boven

Het originele artikel verscheen eerder in Monitor, nr 1. februari / maart 2008, het magazine van het ErasmusMC te Rotterdam

Laatst bijgewerkt op 21 februari 2008

	0900-6655566 25 cent per minuut ma. en do. 10:00 tot 15:00 uur
	erfolijn@erfocentrum.nl